O dotační programy IROP je podle očekávání veliký zájem. Podané žádosti se hodnotí průběžně a je důležité datum podání. Někteří žadatelé v již spuštěných výzvách podali duplicitní nebo záměrně neúplné žádosti (někteří podali prázdnou žádost nebo ji dokonce vyplnili absurdně s jedním písmenem v každém poli), aby předběhli ostatní žadatele za účelem získání co nejvčastnějšího data podání, které je kritériem, podle kterého jsou žádosti řazeny v případě úspěšného hodnocení. Z tohoto důvodu byla také rychle překročena kapacita  výzvy. Řídící orgán IROP proto vydal závazné stanovisko a upravil Obecná pravidla pro žadatele a příjemce. Například lze podat pouze jednu žádost pro jeden záměr nebo se upřesňují lhůty pro doplnění žádosti.

Za nízkoemisní a bezemisní vozidla pro veřejnou dopravu se pro naplnění specifického cíle výzvy 27. a 28. považují silniční vozidla využívající alternativní energie elektřiny nebo vodíku a biometan, a bezemisní drážní vozidla v městské hromadné dopravě (tramvaje nebo trolejbusy).

Vzhledem k náročnosti přípravy je vyhlášení výzev z původního předpokládáného termínu v září přesunuto na 3. října ve 14 hodin.

Žadateli o dotaci mohou být kraje, obce a dopravci na základě smlouvy o veřejných službách v přepravě cestujících. Ve výzvě 27., do které spadají kraje  Karlovarský, Ústecký, Liberecký, Královéhradecký, Pardubický, Olomoucký, Moravskoslezský a Zlínský je celková alokovaná částka 2,514 miliardy korun. Pro výzvu 28., do které patří žadatelé z krajů Středočeského, Jihočeského, Plzeňského, Kraje Vysočina a Jihomoravského, je připraveno 2,053 miliardy korun. Po vyčerpání prostředků z IROP bude, podle Řídícího výboru, čistá mobilita v segmentu veřejné dopravy financována z prostředků Modernizačního fondu.

Projekty musí splňovat věcné požadavky výzvy:

Projekt musí být realizován v městské oblasti nebo zajišťovat obsluhu a dostupnost do jejího zázemí udržitelnými druhy dopravy, musí zajišťovat přístupnost pro všechny skupiny cestujících, pořizovaná vozidla budou součástí IDS nebo zajistí přestup na železnici, technické řešení dobíjení zajistí jejich interoperabilitu, v případě nízkoemisních vozidel se musí biometan podílet na celkovém objemu paliva minimálně 20 %.

K projektu realizovanému v obci s více než 40 tis. obyvateli žadatel dokládá soulad s Plánem udržitelné městské mobility, k projektu realizovanému v obci se 40 tis. a méně obyvateli žadatel dokládá soulad s Plánem udržitelné městské mobility nebo Plánem dopravní obslužnosti města či kraje nebo jinou strategií příslušného dopravního módu schvalovanou samosprávou.

Nákup silničních nízkoemisních a bezemisních vozidel pro veřejnou dopravu nebo drážních vozidel pro MHD je součástí Specifického cíle 6.1: Podpora udržitelné multimodální městské mobility v rámci přechodu na uhlíkově neutrální hospodářství. Cílem této oblasti je zavést inteligentní, propojenější a čistější systémy dopravy, zatraktivněním veřejné osobní dopravy a zlepšením podmínek pro aktivní mobilitu. A dále motivovat veřejnost k přesunu z individuální automobilové dopravy na dopravu veřejnou, cyklistickou a pěší, a tím přispět ke snížení emisí skleníkových plynů a znečišťujících látek, zejména ve městech. Celková částka na projekty je 20,4 mld. Kč. Do aktivit podporovaných v rámci tohoto cíle je také výstavba plnících a dobíjecích stanic, telematika pro veřejnou dopravu, přestupní terminály, projekty pro zvýšení bezpečnosti nemotorové dopravy nebo cyklostezky. Tyto výzvy budou vyhlášeny v příštích měsících.